无尘车间需要控制的项目包括温度、湿度、静压差、风速、颗粒、浮游菌和沉降菌。当然，在青岛无尘车间设计之初也考虑了噪音、光照、安全性和节能性。对于用户来说，在使用过程中学习日常监控是非常重要的，这是保证教学科研工作的前提之一，也有利于在数据异常时调查原因。

温度、湿度、静压差和风速是预测试验指标。只有这些指标在规定范围内，对后续三个主要试验指标的监测才有意义。温湿度要求用户自行掌握。如无特殊要求，温度为18~26℃，相对湿度为45%~65%。青岛无尘车间与非无尘车间的静压差为>10Pa；相邻不同洁净级别的无尘车间之间的压差应为>0.5Pa；洁净区与室外的压差应为>12Pa。单向流净室实测室内平均风速应大于设计风速，但不得超过15%。上述测试可通过温湿度计、微压计和风速计完成。

悬浮颗粒测试可通过颗粒计数器完成。监测时，首先确定青岛无尘车间至少采样点的数量。学校生物实验室相对较小。一般每个房间3~4点就够了。采样时，要注意采样点在室内均匀分布，尽量避开回风口。采样管口应朝气流方向，高度约80cm。测试人员应在采样口的下风侧，尽量减少活动。为了保证仪器下次能正常使用，采样后必须启动仪器的自净程序。